Il finanziamento della ricerca si sostanzi poi in diversi strumenti operativi, articolati in programmi, per il finanziamento di progetti di ricerca nazionali. I principali, gestiti dal Ministero per l'università e la ricerca e dal Ministero delle Attività produttive, sono:

PRIN (Progetti di Ricerca di rilevante Interesse Nazionale)
FISR (Fondo Integrativo Speciale per la Ricerca)
FAR (Fondo per le Agevolazioni alla Ricerca)
FIRB (Fondo Integrativo Ricerca di Base)
FIT (Fondo per l' Innovazione Tecnologica)

Altri Ministeri, quali il Ministero delle politiche agricole alimentari e forestali, il Ministero dell’ambiente e della tutela del territorio e del mare e il Ministero della Salute sviluppano politiche della ricerca nelle loro rispettive aree di competenza.

Vi sono poi degli investimenti che lo Stato effettua al fine di rafforzare le aree di eccellenza o favorire la concentrazione di strutture di trasferimento tecnologico.

Fra tali azioni si possono citare ad esempio le politiche a sostegno della creazione di distretti tecnologici, di centri di eccellenza e di parchi scientifici e tecnologici.